宫本武藏

　　第一部・自关原至一乘下松
　　作州宫本村的武藏与又八，心怀出人头地的梦想参加了关原之战，却以战败告终。二人在伊吹山中漫无目的地徘徊时，被阿甲与朱实母女所救。又八受阿甲引诱，与她结为夫妇；而武藏在归国途中，因擅自闯过关卡遭到官吏追捕，陷入窘境。
　　另一方面，又八的母亲阿杉，将儿子迟迟未归归咎于武藏，对武藏心怀怨恨。又八本有一位名叫阿通的未婚妻，阿通目睹武藏被泽庵和尚惩戒、吊在千年杉树上，便将武藏救出，与他一同逃走。如今倾心于武藏的阿通，恳求要跟随立志修习武道的武藏同行。武藏也曾一时被激情冲昏头脑，对阿通有过不轨之举，但随后便为自己的行为感到羞耻，仓皇离去。
　　三年之后——京都名门吉冈道场的住持清十郎，常流连于阿甲经营的料亭，并对朱实痴心一片。又八靠着阿甲接济，过着近乎颓废的生活。某天，为追寻武藏来到京都的阿通，在五条大桥的告示牌上得知，武藏已接下清十郎的比武邀约。紧接着，阿通便与又八、阿杉重逢。面对仍对阿通念念不忘的又八，阿杉斥责他，要他去斩杀武藏。
　　数日之后，被清十郎侵犯的朱实陷入半疯狂状态，企图投水自尽。恰巧在场的又八救下了朱实。对京都心生厌倦的二人，怀着对新生活的向往，启程前往大阪。
　　在洛北莲台寺野举行的武藏与清十郎的比武中，武藏一击便击败清十郎，以压倒性优势获胜。清十郎的弟弟传七郎不甘示弱，在莲华王院三十三间堂向武藏发起挑战，同样败下阵来。濒临覆灭的吉冈家，推举与吉冈家有血缘关系的少年源次郎为名义上的首领，再次向武藏发出比武邀约。
　　在一乘寺下松，吉冈一门七十人已设下埋伏等候武藏。武藏独自前往，率先斩杀了源次郎。在惨烈的决斗中，武藏下意识地双手持刀，接连击倒吉冈家的门徒，最终赢得胜利……
　　
　　第二部・自柳生之乡至严流岛
　　武藏先后击败宝蔵院流枪术高手以及使用锁镰的宍户梅轩，武艺日渐精进。然而，当他向柳生家族发起挑战时，其佩剑却因被视作“杀生之剑”而遭拒战；就连镇上的刀匠，也评价武藏的刀“只配用来杀戮”，武藏这才意识到自身的不足。
　　不久后，武藏承蒙小仓藩细川家家老长冈佐渡的关照，在小仓暂住，并在此与宿敌佐佐木小次郎相遇。对剑道产生迷茫的武藏，找到泽庵和尚倾诉烦恼。但泽庵只是直言：“若对剑道已然迷茫，不如要么被小次郎斩杀，要么便弃剑返回故乡，与阿通相伴余生。”
　　与此同时，回到宫本村的阿通，险些被同样返乡的阿杉掐死，所幸情绪激动的阿杉突然猝死，阿通才侥幸脱险。另一方面，又八来到大阪后涉足恶行，曾一度与朱实分开，投靠在泽庵门下。后来，当他与抱着两人孩子的朱实重逢后，才终于醒悟到自己过去的过错。
　　庆长十七年四月十三日，武藏与小次郎的比武定在长门的船岛举行。又八、朱实与阿通也纷纷赶赴此地。面对哭着恳求武藏称自己为“妻子”的阿通，武藏留下一句“武士出征，还望你含笑相送”，便向船岛进发。
　　比武在瞬息之间决出胜负。武藏用自己亲手制作、比小次郎的长刀“物干竿”更长的木刀，击碎了小次郎的天灵盖……